ცენტრის სტრუქტურა I. სტრატეგიული განვითარებისა და სამართლებრივი საკითხების დეპარტამენტი
ცენტრის განვითარების სტრატეგია;
მართვისა და პროცედურული საკითხების დახვეწა;
ნორმატიული ბაზის სრულყოფა;
სამართლებრივი შინაარსის დოკუმენტების შემუშავება;
სასამართლო დავებში მონაწილეობა;
რესურსების მოძიება, პარტნიორული ურთიერთობების დამყარება დონორებ სა და უცხოურ საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან;
თანამშრომლობის პროექტების შემუშავება და ადმინისტრირება;
საქართველოს და უცხოური საგანმანათლებლო დაწესებულებების ერთობლივი პროგრამების ჩამოყალიბებისა და განხორციელების ხელშეწყობა;
უსდ - ების სამეცნიერო პოტენციალის განვითარებისა და სტუდენტის კვლევაში ჩართვის უზრუნველყოფის ხელშეწყობა.
II. აკრედიტაციის პროცესის მართვის დეპარტამენტი
აკრედიტაციის განხორციელების ხელშეწყობა;
საექსპერტო ჯგუფებთან ურთიერთობა, ტრენინგების მოწყობა, სამუშაო პროცესში ტექნიკური დახმარება;
აკრედიტაციის საბჭოს საქმიანობის ხელშეწყობა ;
საგანმანათლებლო დაწესებულებების ინფორმირება აკრედიტაციის ვადებისა და პირობების შესახებ.
III. ინსტიტუციური მოწყობისა და საგანმანათლებლო პროგრამების დეპარტამენტი
ინსტიტუციური მოწყობისა და მართვის თანამედროვე სისტემების შესახებ ინფორმაციის მოძიება და გავრცელება;
საქართველოს კანონმდებლობასთან საგანმანათლებლო დაწესებულებების წესდებების, დებულებებისა და სხვა აქტების შესაბამისობაში მოყვანის ხელშეწყობა;
კონსულტაციების გაწევა ინსტიტუციური მოწყობისა და მართვის სფეროში;
საგანმანათლებლო პროგრამების შემუშავების, დახვეწისა და შემდგომი განვითარების ხელშეწყობა;
საგანმანათლებლო დაწესებულებების ინფორმირება თანამედროვე პროგრამების შესახებ. ადეკვატური დამხმარე მასალით უზრუნველყოფა;
დარგობრივ საექსპერტო ჯგუფებთან ურთიერთობა;
კვალიფიკაციების ეროვნული ჩარჩოს შესრულების ხელშეწყობა და დოკუმენტის შემდგომ სრულყოფაზე წინადადებების შეგროვება და თემატური კლასიფიკაცია;
რეგულირებადი საგანმანათლებლო პროგრამების აკრედიტაციის სისტემის შემუშავების ხელშეწყობა.
IV. საინფორმაციო და მობილობის დეპარტამენტი
უცხოეთში მიღებული კვალიფიკაციის აღიარება;
მობილობის გამოცხადება, პროცესის ადმინისტრირება, უსდ-ის გადაყვანის ბრძანების პროექტის ექსპერტიზა და რეკომენდაციის შემუშავება;
მობილობის პროცესის ხელშეწყობა;
რეესტრის სისტემაში მობილობის მონაცემთა ასახვის მონიტორინგი.
V. რეესტრის წარმოების დეპარტამენტი
რეესტრის ადმინისტრირება და მონაცემების სისწორის მონიტორინგი;
სტუდენტთა სტატუსის ერთიანი რეესტრი (მოიცავს გრანტისა და მობილობის ადმინისტრირებას);
ერთიან რეესტრში გრანტის სისწორის ასახვის მონიტორინგი;
ვებგვერდის მენეჯმენტი;
ცენტრის შიდა ქსელის სისტემური ადმინისტრირება.